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國家基因組科學數據中心發佈2019新型冠狀病毒資源庫

http://dailynews.sina.com   2020年01月22日 00:06   中國新聞網

  中新社北京1月22日電 據中國科學院公衆號22日消息,當日,國家基因組科學數據中心正式發佈2019新型冠狀病毒資源庫。經數據分析,2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)與2003年爆發的SARS病毒基因組序列相似度爲80%,與2017年2月從國內的蝙蝠中採集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因組序列相似性最高,相似度爲88%。

  該庫整合了世界衛生組織(WHO)、中國疾病預防控制中心(CDC)、美國國家生物技術信息中心(NCBI)、全球流感序列數據庫(GISAID)等機構公開發布的冠狀病毒基因組序列數據、元信息、學術文獻、新聞動態、科普文章。同時,對不同冠狀病毒株的基因組序列做了變異分析與展示。

  2019新型冠狀病毒資源庫收錄了來源於NCBI的GenBank數據庫和GISAID數據庫發佈的2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、採樣日期、採樣地點、樣本提供單位、數據遞交單位等元信息。通過該資源庫還可訪問到國家基因組科學數據中心基因組數據庫GWH從公共數據庫收錄的冠狀病毒科基因組和蛋白序列,用戶可基於Accession號、種名、屬名、採樣日期、採樣地點、宿主、分離源、發佈日期等元信息篩選感興趣的冠狀病毒株,個性化選取序列進行下載以開展相關的科學研究。

  2019新型冠狀病毒資源庫將持續更新元信息與基因組序列數據,實時監控NCBI的PubMed數據庫中發表的2019新型冠狀病毒和其他冠狀病毒的學術文獻、中新網與新華網發佈的新聞,同步更新世界衛生組織與中國疾病預防控制中心發佈的科普介紹,爲用戶開展學術研究、掌握科研進展、瞭解新聞動態與科學知識提供資源與窗口。

  2019新型冠狀病毒資源庫基於不同參考基因組序列開展2019-nCoV病毒株基因組變異分析,並對結果進行了統計與可視化展示。通過對全基因組序列相似性比較和變異位點分析,獲取2019-nCoV病毒株之間、2019-nCoV病毒株與SARS冠狀病毒以及與類SARS冠狀病毒蝙蝠株之間的變異程度、變異區域、變異鹼基的詳細信息。經數據分析,2019-nCoV與2003年爆發的SARS病毒基因組序列相似度爲80%,與2017年2月從國內的蝙蝠中採集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因組序列相似性最高,基因組序列相似性最高,相似度爲88%。

  對2019-nCoV病毒株的基因組變異分析可爲追溯病毒來源、追蹤病毒株變異路徑、防控新型冠狀病毒引發的疫情、治療病毒性肺炎提供重要的數據基礎與決策支持。(完)

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